Según una inscripción que se instaló sobre su puerta principal, la Alcazaba se inauguró en el año 835 y, en principio, sirvió para proteger a los gobernantes y súbditos musulmanes de las sublevaciones de la población emeritense, además de dominar el paso del puente sobre el río Guadiana.
El perímetro, casi cuadrado, de la fortificación mide unos 550 metros. Adosadas a lo largo del paramento, al que sirven de contrafuertes, se distribuyen 25 torres de base cuadrangular, algunas de origen cristiano.
El acceso principal a la alcazaba y el que comunicaba con el interior de la ciudad estaban protegidos por un pequeño fortín o barbacana que se construyó en el lugar que ocupó una de las puertas principales de la ciudad romana.
De las distintas dependencias que debieron existir en el interior del recinto, se conserva el aljibe. Se accede a este edificio por dos puertas enfrentadas que permiten el paso a un distribuidor. Dos escaleras permiten la subida y bajada a la cisterna que se surte de filtraciones de la capa freática del río Guadiana. Por encima del distribuidor existió una pequeña mezquita y por encima de esta, una torre de vigilancia.
En el recinto de la alcazaba se conservan abundantes testimonios arqueológicos y arquitectónicos de las diferentes etapas culturales que ha vivido la ciudad: dique de contención de agua del río, base de la puerta del puente, muralla, calles y casas del periodo romano, pilastras pertenecientes a algún gran edificio visigodo, aljibe de época Andalusí, conventual de la Orden de Santiago, pórtico neogótico, etc.