La iglesia del convento alberga, actualmente, la Colección de de Arte Visigodo de Mérida. El templo es una de las mejores obras del barroco clasicista o severo con que cuenta la ciudad.
El resto de dependencias del convento, después de haber estado en manos de particulares tras su expropiación, actualmente es de titularidad pública, albergando oficinas del Consorcio de la Ciudad Monumental de Mérida y del Festival Internacional de Teatro Clásico de Mérida. Se conserva un claustro rectangular, de dos plantas.
Fundado en 1588, ha sido el último convento que ha mantenido la función para la que fue creado. "Las monjas encerradas" de este convento de clausura se trasladaron a finales de 2009 a un convento de la provincia de Sevilla. Terminaban con ellas numerosas tradiciones emeritenses: los dulces de "las monjas", sus voces cantando al paso de las procesiones y, fundamentalmente, el recibimiento al alcalde de la ciudad, cada 8 de diciembre, para renovar el voto que desde 1620 la corporación emeritense realiza para defender que "la Virgen fue concebida sin pecado original".
Tras la reconquista de la ciudad en 1230, Mérida es puesta bajo la jurisdicción de la Orden de Santiago cuya casa prioral estaba en el convento de San Marcos, en León. A mediados del siglo XVI, los preceptos del Concilio de Trento mandan residir a los dirigentes eclesiásticos en territorios de su jurisdicción. Para acoger la residencia del priorato, en el espacio de la Alcazaba que ya ocupaba la Casa de la Encomienda, se construye el Conventual. Actualmente, este edificio, abierto a la Plaza del Rastro acoge la Presidencia de la Junta de Extremadura.
