La misión fundamental de la Comisión Ejecutiva es la de ejecutar los acuerdos del Consejo Rector. Está integrada por los siguientes miembros:
- Presidente: Ilma. Sra. Dª. Esperanza Díaz García. Directora General de Patrimonio Cultural de la Junta de Extremadura
- Vicepresidente Primero: Ilmo. Sr. D. José Ángel Calle Gragera. Alcalde de Mérida.
- Vicepresidente Segundo: Ilmo. Sr. D. Valentín Cortés Cabanillas. Presidente de la Diputación Provincial de Badajoz.
Vocales:
- Dos de los representantes de la Consejería de Cultura en el Consejo Rector.
- Uno de los representantes del Ministerio de Cultura en el Consejo Rector.
- Uno de los representantes del Ayuntamiento de Mérida en el Consejo Rector.
- El Director Científico, con voz y sin voto.
- Secretario/a: El Director Gerente, que asistirá con voz y sin voto.