El Consejo Rector es el órgano superior de gobierno y administración del Consorcio. Está integrado por los siguientes miembros:
- Presidente de Honor: Excmo. Sr.D. José Ignacio Wert Ortega. Ministro de Cultura
- Presidente: Excma. Sra. Dª. Trinidad Nogales Basarrate. Consejera de Cultura de la Junta de Extremadura
- Vicepresidentes:
- Ilma. Sra. María del Pilar Merino Muñoz. Directora General de Patrimonio Cultural de la Junta de Extremadura
- Ilmo. Sr. D. Jeús Prieto de Pedro. Director General de Bellas Artes y Bienes Culturales
- Excmo. Sr. D. Pedro Acedo Penco. Alcalde de Mérida
- Excmo. Sr. D. Valentín Cortés Cabanillas. Presidente de la Diputación Provincial de Badajoz
- Excmo. Sr. D. Laureano León Rodríguez. Presidente de la Diputación Provincial de Cáceres
- Excmo. Sr. D. Fernendo J. Manzano Pedrera. Presidente del Parlamento de Extremadura
- Vocales:
- Dos representantes del Ministerio de Cultura, de los cuales uno de ellos será el/la Director/a del Museo Nacional de Arte Romano de Mérida
- Cinco representantes de la Junta de Extremadura, de los cuales:
. Dos designados/as por la Consejería de Cultura
. Uno/a designado/a por la Vicepresidencia de la Junta de Extremadura
. Uno/a designado/a por la Consejería de Agricultura y Medio Ambiente
. Uno/a designado/a por la Consejería de Educación
- Tres representantes del Excmo. Ayuntamiento de Mérida, que representen a los grupos políticos mayoritarios
- Representante de la Diputación Provincial de Badajoz
- Representante de la Diputación Provincial de Cáceres
- Representante del Parlamento de Extremadura
- Secretario/a: El/la Secretario/a General Técnico de la Consejería de Cultura de la Junta de Extremadura, que tendrá voz y voto.
Asistirán a las reuniones del Consejo Rector, con voz y sin voto, los siguientes miembros:
- Un representante del Colegio Provincial de Arquitectos de Badajoz
- Un representante de la Asociación Provincial de Empresarios de la Construcción de Badajoz
- Un representante de las Asociaciones de Defensa del Patrimonio
- Un representante de la Federación de Asociación de Vecinos
-Un representante de la Asociación de Comerciantes de Mérida
- Hasta un máximo de cuatro personas de reconocido prestigio en el campo del patrimonio cultural, designados por el Consejo Rector
- Un representante de los Trabajadores del Consorcio
- El Director Científico del Consorcio
- El Director Gerente del Consorcio.