El Consejo Rector es el órgano superior de gobierno y administración del Consorcio. Está integrado por los siguientes miembros:
- Presidenta de Honor: Excma. Sra. Dª. Ángeles González-Sinde Reig. Ministra de Cultura.
- Presidenta: Excma. Sra. Dª. Leonor Flores Rabazo. Consejera de Cultura de la Junta de Extremadura.
- Vicepresidentes/as:
- Ilma. Sra. Dª. Esperanza Díaz García. Directora General de Patrimonio Cultural de la Junta de Extremadura.
- Ilmo. Sr. D. José Jiménez Jiménez. Director General de Bellas Artes y de Conservación y Restauración de Bienes Culturales.
- Excmo. Sr. D. José Ángel Calle Gragera. Alcalde de Mérida.
- Excmo. Sr. D. Valentín Cortés Cabanillas. Presidente de la Diputación Provincial de Badajoz.
- Vocales:
- Tres representantes del Ministerio de Cultura, de los cuales uno de ellos será el/la Director/a del Museo Nacional de Arte Romano de Mérida.
- Cinco representantes de la Junta de Extremadura, de los cuales:
. Dos designados/as por la Consejería de Cultura.
. Uno/a designado/a por la Vicepresidencia de la Junta de Extremadura.
. Uno/a designado/a por la Consejería de Agricultura y Medio Ambiente.
. Uno/a designado/a por la Consejería de Educación.
- Tres representantes del Excmo. Ayuntamiento de Mérida, que representen a los grupos políticos mayoritarios.
- El/la Diputado/a Delegado/a de Cultura de la Diputación Provincial de Badajoz.
- Secretario/a: El/la Secretario/a General Técnico de la Consejería de Cultura de la Junta de Extremadura, que tendrá voz y voto.
Asistirán a las reuniones del Consejo Rector, con voz y sin voto, los siguientes miembros:
- Un representante del Colegio Provincial de Arquitectos de Badajoz.
- Un representante de la Asociación Provincial de Empresarios de la Construcción de Badajoz.
- Un representante del Patronato de Turismo de Mérida.
- Un representante de las Asociaciones de Defensa del Patrimonio.
- Hasta un máximo de cuatro personas de reconocido prestigio en el campo del patrimonio cultural, designados por el Consejo Rector.
- Un representante de los trabajadores al servicio del Consorcio.
- El Director Científico del Consorcio.
- El Director Gerente del Consorcio.